هدف رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم تأمین و تربیت نیروی انسانی متخصص و متعهد به منظور انجام امور فنی مرتبط با کشاورزی است. این امور شامل طراحی، تولید ماشینهای کشاورزی، بررسی سازگاری ماشینهای وارداتی و آموزش امور فنی به تعمیرکاران و حتی صاحبان ماشینهای گوناگون است. هدف اصلی آموزش دانشجویان فراگیری کامل در مورد قسمتهای مختلف ماشینهای کشاورزی است. با توجه به تولید، واردات و مونتاژ این ماشینها در کشور دانش آموختگان میبایست بتوانند در کلیه امور نقش اصلی را ایفا کنند تا از ورود ماشینهای بی کیفیت به مزارع و سایر عرصههای کشاورزی جلوگیری شود.
این رشته تا پیش از آزمون سال 93 تحت عنوان «مکانیک ماشین های کشاورزی» شناخته می شد، اما از سال 93 به بعد به نام «مهندسی مکانیک بیوسیستم» با سه گرایش طراحی و ساخت، انرژی های تجدیدپذیر، فناوری پس از برداشت تغییر کرد.